Jobbet "Bioinformatiker til Klinisk Molekylærbiologisk Laboratorium, Sydvestjysk Sygehus" er udløbet

Region Syddanmark

Region Syddanmark

Finsensgade 35, 6700 Esbjerg

Dit næste skridt

Brænder du for at bruge din høje faglighed i bredeste forstand? Vil du gerne være en del af en diagnostisk afdeling, som har fokus på udvikling og efteruddannelse? Så er det dig vi søger som ny kollega til vores afdeling. En 1-årig situationsbestemt stilling som bioinformatiker ved Klinisk Molekylærbiologisk Laboratorium er ledig til besættelse fra den 1. februar 2022, eller snarest derefter. Stillingen er på 37 timer pr. uge.

Klinisk Molekylærbiologisk Laboratorium har for nuværende 2 molekylærbiologer og et hold af bioanalytiker, der arbejder med opsæt, validering, implementering og kvalitetssikring af molekylærbiologisk analyser og den tilknyttede forskning og udvikling. Selvom stillingen er baseret i Klinisk Molekylærbiologisk Laboratorium, som organisatorisk er en del af klinisk mikrobiologi, yder vores afdeling molekylærbiologiske ydelser til de øvrige diagnostiske specialer, herunder biokemi og patologi. Laboratoriet servicerer alle hospitaler og praktiserende læger i vores område. Ud over laboratoriedelen omfatter afdelingen også infektionshygiejnisk enhed der blandt andet håndterer smitteopsporing. Lige nu er der stor fokus på SARS-Coranovirus 2.

Afdelingens molekylærbiologiske analyser er hovedsageligt baseret på qPCR og beslægtede teknologier, hvor analyse-porteføljen er primært baseret på kommercielle kits. Det forventes at sekventering får en større andel analyseringer indenfor det molekylærbiologiske område som i første omgang mht. typning af agens og smitteopsporing i mikrobiologi især mht. SARS-CoV2 (COVID-19). På længer sigt kan der en bredere fokus på andre patogener, og sekventering i de andre specialer f.eks. i forbindelse med koagulation defekter og cancer mutationer.

Du forventes at indgå i drift og udvikling af afdelingens NGS-baserede diagnostik og typning i samarbejde med afdelingens molekylærbiologer, læger og bioanalytikere tilknyttet den molekylærbiologiske sektion.

Vi tilbyder

  • Arbejde i et fag med stort udviklingspotentiale og en afdeling i vækst
  • Et spændende arbejde i tværfaglige teams med engagerede kollegaer
  • En arbejdsplads med et godt og rummeligt arbejdsmiljø – og med en positiv stemning i vores moderne laboratoriefaciliteter
  • Gode muligheder for udvikling af kompetencer og til faglig fordybelse

Dine arbejdsopgaver

  • Deltage i udvikling og implementering af NGS i afdelingen
  • Deltage i den daglige drift af afdelingens NGS-baserede diagnostik og typningsmetoder i samarbejde med tilknyttede bioanalytikere, molekylærbiolog, overlæge og afdelingsbioanalytiker
  • Ansvar for opsætning og vedligehold af bioinformatiske pipelines og databaser i forhold til SARS-CoV-2 sekventering og overvågning
  • Ansvar for opsætning og vedligehold af andre bioinformatiske pipelines og databaser i forbindelse med andre multiresistente bakterier f.eks. i forbindelse med udbrud på sygehus afdelinger
  • Ansvar for opsætning og vedligehold af bioinformatiske pipelines og databaser i forhold til andre undersøgelser i patientprøver
  • Deltage i afdelingens forskning, udvikling og uddannelse af bachelor-, master-, Ph.d.-studerende samt afdelingens personale
  • Indgå i et netværk med bioinformatikere fra andre klinisk diagnostiske afdelinger, såsom Klinisk Mikrobiologiske afdelinger og Statens Serum Institut
  • Ansvar for kontakt og samarbejde med Regional IT afd. ang. Databaser, sikkerhed m.m.

Vi ønsker stillingen besat med en akademiker, som arbejder anerkendende og dialogbaseret, og som kan navigere i et bredt felt af interessenter og samarbejdspartnere både internt og eksternt. Du skal være nysgerrig på kvalitet, udvikling og forskning.

Din baggrund og dine kvalifikationer

  • Akademisk grad indenfor computervidenskab, bioinformatik eller anden relevant naturvidenskabelig disciplin
  • Solid erfaring i at programmere og udvikle i et UNIX-miljø
  • Erfaring med opsætning/kodning af pipelines til effektiv databehandling
  • Teoretisk og praktisk erfaring med NGS dataanalyse
  • Kompetencer indenfor programmering i Python m.fl. (Biopython, Perl, R)
  • Kvalitetssikring af data
  • Kendskab til brugen af Illumina platform (DNA-ekstraktion, library preparation (Nextera), kørsel på MiSeq) og Nanopore (MinION) sekventering er en fordel
  • Erfaring inden for mikrobiologi er en fordel
  • Du er udviklingsorienteret, struktureret og analytisk
  • Du er igangsættende og inspirerende for alle faggrupper i afdelingen
  • Gode samarbejdsevner på tværs af faggrupper, lokalt og nationalt
  • God til, både selvstændigt og som en del af et team at arbejde for effektivt at møde deadlines

Har du spørgsmål til stillingen, er du velkommen til at kontakte specialeansvarlig overlæge John E. Coia på e-mail John.Eugenio.Coia@rsyd.dk eller på 79182537 eller afdelingsbioanalytiker Ditte Bertelsen på e-mail Ditte.Bertelsen@rsyd.dk eller på 79184170.

Du kan læse mere om afdelingen her.

Ansøgningsfristen er d. 19. januar 2022 og samtaler afholdes herefter. 

Stillingen aflønnes efter gældende overenskomst.